Lopšelis-darželis įsteigtas ir savo veiklą pradėjo 1982-10-24, kaip Marijampolės vaikų lopšelis-darželis Nr.1, Marijampolės miesto savivaldybės Švietimo skyriaus vedėjo 1998-01-20 įsakymu Nr.8, suteiktas „Nykštuko“ vardas.
Lopšelis-darželis yra viešasis juridinis asmuo, turintis herbinį antspaudą su užrašu „Marijampolės vaikų lopšelis-darželis „Nykštukas“, blanką su savo pavadinimu, sąskaitas Lietuvos Respublikos įregistruotuose bankuose, atributiką.